R语言生信数据分析及可视化作图实战课程

 开班时间: 2022年7月9-10日 (线上)      

会议简介:

众所周知,R软件是用来做数据分析和作图的软件。一篇高质量的文章,需要好的原始数据、逻辑的分析思路、漂亮的结果、创新的结论。其中,批量的分析操作会提高效率,美观的图片会让人眼前一亮,刮目相看的。相同的数据,做出来的图片可能大相径庭。

下图就是由同一套数据所做的差异基因的表达聚类热图,孰优孰劣一目了然。

R语言特点及优势

可以用来做生信分析及作图的数据库database、在线工具web-service、软件software有很多,其中R软件是一种适应性最广、上手最快的工具。可能有的人会有疑问,R语言是一种编程语言,我没有任何计算机的基础也适合使用R吗?

答案是可以的。原因是R软件做分析及作图,都有比较现成的R包及代码。比如转录组分析相关的R包及代码,可以用来做差异分析、火山图、热图、PCA图、WGCNA等。比如单细胞测序数据分析相关的R包及代码,可以用来做细胞分型及聚类。还有RNA甲基化分析相关的、蛋白组代谢组相关的、临床统计分析相关的R包及代码。

零基础的是怎么快速掌握呢?以一个做热图的代码为例子,虽然每个人的数据是不同的,但是只要拿到了做热图的代码,我们就可以只是简单的修改其中几个参数,就可以轻松作出热图!我们只需要记住那几个关键参数的含义及修改即可,而且,代码中还有详细的中文注释!

 

当然,如果是我们自学就要花费更多的时间了。所以,我们开设了这次R语言实操班。可以通过老师系统的整理各个方向的生信代码及实操,在短短的两天一晚时间系统的掌握R分析的各种实操。

专家简介:宋博士

成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。

 

课程预期:通过2天1晚的学习的手把手教学让学员掌握R软件下载安装、Rstudio用法、R语言常用作图、R语言数据处理方法与编程技术、掌握R语言自主学习实践的方法与技巧,现场解答学员在实际工作中遇到的有关技术问题,让学员更好地掌握相关技术的应用。另外,课后学员有感兴趣的图片,老师也可以提供相应的R代码。

总体思路是根据生信相关的SCI热点文章为主题,完成里面相关的分析及作图。该培训适用于对生信分析或者医学统计学分析感兴趣,编程零基础及以上的学员参加。

 

详细日程:

R语言生信数据分析及可视化作图日程

课程

主 要 内容

第一天

上午

R语言——编程环境、数据结构、语法和练习

R软件的历史、简介、优缺点

R编程形式与资源

R软件的安装

Rstudio使用技巧及安装

R语言的数据结构(元素、向量、矩阵)

R语言的编程方法

一起练——R语言的编程练习

第一天

下午

生信参考文献解读

生信文献的流程解读

常用的生信分析流程

流程模块使用的R包及函数简介

案例展示

常用R函数

统计编程思想与流程

数据描述性分析R实现

统计分析R实现

实战操作演练——卡方检验、回归分析、方差分析、Fisher精确检验、相关性分析等

第一天

晚上

常用R包(1)

转录组、蛋白组、表观组、代谢组等不同组学数据差异基因筛选及可视化

R包的介绍——r-project 来源及 Bioconductor 来源

R包的安装——在线安装及本地安装方法

芯片数据预处理——标准化,归一化

差异分析——差异基因筛选,火山图

无监督聚类分析——PCA分析,聚类热图分析

第二天上午

常用R 包(2)

基因、蛋白相关分析

R语言功能富集分析,包括KEGG pathway,以及GO BP, CC, MF分析,功能条形图,功能气泡图可视化

共表达分析——pearson法,相关性散点图

生存预后分析——KM曲线图,添加p值,HR值

样本相关性及相关性热图分析

实操

第二天下午

常用R包(3)

常见思路

单细胞测序相关分析

RNA甲基化相关分析

时间序列分析——多组连续样本的基因表达聚类

实操

R语言学习的方法与技巧

算法思想、R包及函数用法、参数说明、范例程序

如何找到有用的R资源

R语言学习小窍门

互动环节与答疑

 PS:必须携带电脑,最好是win10系统,苹果系统需自己安装好R和Rtudio软件会后主办方会统一提供全程录像作为复习资料。

 

会务费用3000元;开具正规会务费发票,提供纸质盖章邀请函

时间20227月9-10日(2天一夜

9日 白天 9:00-17:30,晚上 19:00-22:00

10日 白天 9:00-17:30

地点:腾讯会议网络会议室

 

通过该培训,可以学会R语言基础(输入文件格式、输出文件格式、操作代码的参数调整)、统计学上各种算法的实现、SCI常用图片生成等,例如:

 



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